1840年發(fā)生的鴉片戰(zhàn)爭，使中國歷史進入近代史時期。中國近代史的總的特點是帝國主義列強侵略中國，使中國逐步淪入半殖民地半封建社會，中國各族人民進行了英勇的反帝愛國斗爭，而清朝封建統(tǒng)治階級為維護他們的統(tǒng)治，對外妥協(xié)退讓，對內(nèi)鎮(zhèn)壓人民的反抗。西藏近代史也具有和全國近代史相同的特點。

七世班禪呈給清朝光緒皇帝的奏書

二世策墨林活佛任攝政二十多年，權(quán)勢很重，同時也與西藏僧俗產(chǎn)生了一些矛盾。1844年七世班禪等僧俗上層控告他貪贓受賄、勒索百姓，并有暗害九世達賴喇嘛、十世達賴喇嘛和虐待十一世達賴喇嘛的嫌疑，清朝命駐藏大臣琦善查辦。琦善即是在鴉片戰(zhàn)爭中昏庸誤國，在廣州向英國侵略者妥協(xié)的投降派主要人物，后被革職，后來又被派到西藏任駐藏大臣。經(jīng)琦善奏準，將二世策墨林撤職關(guān)押，期間曾被色拉寺僧人搶出，圖謀翻案未成，被押送回甘南居住。琦善隨即請七世班禪出任攝政，七世班禪在拉薩擔(dān)任代理攝政七個多月，即辭職返回扎什倫布寺。清朝就任命九世熱振活佛阿旺意希楚臣堅贊（錫德桑丹林）擔(dān)任攝政。

十三世達賴赴京覲見慈禧太后圖（壁畫）

清朝皇帝賜給十三世達賴的法螺

此后，西藏地方的僧俗上層之間的矛盾接連不斷。1855年攝政熱振活佛和噶佗夏扎旺秋杰波等控告第穆活佛不守清規(guī)，經(jīng)駐藏大臣奏準，將第穆活佛押往后藏宗喀監(jiān)管。當年尼泊爾在英國的支持下再次派兵入侵后藏，西藏軍民進行了英勇抵抗；但是由于當時清朝正忙于鎮(zhèn)壓太平天國，無法顧及，因此1856年在駐藏大臣赫特賀的主持下，由西藏地方和尼泊爾簽訂了協(xié)議，損害了西藏地方的利益。此后不久，夏扎旺秋杰波又和熱振活佛發(fā)生矛盾，夏扎等人對攝政的權(quán)力提出挑戰(zhàn)，但是熱振活佛取得了勝利，旺秋杰波被免職并關(guān)押在尼木莊園，又因其妻告發(fā)他與尼泊爾官員通信，攝政派代本吞巴去處理他，他爭取到吞巴代本的同情，被允許在自己的莊園中剃發(fā)修行。1856和1858年通過金瓶掣簽確定了八世班禪和十二世達賴喇嘛。1862年初夏扎和甘丹寺、哲蚌寺的一些上層僧人合謀，借發(fā)放布施的一些問題，鼓動兩寺的僧人發(fā)動暴亂，駐藏大臣滿慶偏袒暴亂者，攝政熱振活佛攜帶印信逃出拉薩，到北京告狀。駐藏大臣滿慶即將夏扎旺秋杰波請出以協(xié)助辦理商上事務(wù)的名義掌握攝政的職權(quán)。清朝一面批準滿慶的奏請，一面派人進藏查辦。但當時道路不通，拖了很久，此事也沒有結(jié)果，1863年2月熱振活佛就在北京去世。1864年夏扎旺秋杰波去世，這一場統(tǒng)治集團的斗爭就不了了之。1866年清朝任命擔(dān)任過甘丹赤巴和達賴喇嘛經(jīng)師的四川打箭爐地方出生的高僧羅布藏青饒汪曲擔(dān)任攝政，賜給諾門汗和呼圖克圖名號，此即一世德柱活佛。但是幾年以后，1871年西藏又發(fā)生動亂，曾幫助夏扎旺秋杰波上臺的甘丹寺僧人（后任基巧堪布）班墊登珠糾集部分僧俗官員和甘丹寺僧人，殺死多名僧俗官員，企圖逼迫攝政德柱活佛下臺，并廢黜十二世達賴喇嘛。事情敗露后，班墊登珠等逃往甘丹寺，攝政與駐藏大臣調(diào)集數(shù)千軍隊，圍攻甘丹寺，班墊登珠戰(zhàn)敗后逃跑，在途中被殺。1872年攝政德柱活佛去世，十二世達賴喇嘛親政，不到三個月就去世了。清朝任命濟嚨活佛阿旺貝丹曲吉堅贊為攝政，他在1876年主持尋訪達賴喇嘛轉(zhuǎn)世靈童，并通過駐藏大臣奏準免予金瓶掣簽，認定了十三世達賴喇嘛。1882年八世班禪去世。1886年攝政濟嚨活佛去世，根據(jù)僧俗大眾的推薦，清朝任命八世第穆活佛阿旺洛桑赤列饒杰為攝政。1888年通過金瓶掣簽認定了九世班禪。1894年十三世達賴喇嘛已經(jīng)十九歲，攝政第穆活佛辭去攝政職務(wù)，由達賴喇嘛親政。到1899年又發(fā)生了達賴喇嘛和卸任的攝政的親信之間的斗爭，即“第穆妖鞋”的事件，第穆活佛及其親信被捕，第穆活佛死在監(jiān)獄中，丹吉林的莊園、寺廟和屬民都被沒收，并不準尋訪其轉(zhuǎn)世。

十三世達賴喇嘛土登嘉措像

十三世達賴喇嘛呈給光緒皇帝的奏書